Значит ли это, что все, что попадает в лимфатическую систему попадает в мозг? Там ведь много чего может быть, неужели мозг совершенно не защищен с этой стороны?
Если это что-то органическое - то лимфатическая система его утилизирует, и в мозг оно не попадает. А если неорганическое - то да, все может попасть в мозг. Не позаботилась об этом эволюция, не было в древности надобности защищаться от внутримышечных металлов.

Также непонятно, если гидроксид алюминия попадает в мозг, минуя гемато-энцефалический барьер, значит ли это, что он не влияет на его проницаемость
Не значит. Внутримышечный алюминий тоже влияет на проницаемость ГЭБ.

Также, если я правильно поняла, обычным путем алюминию очень сложно попать в головной мозг, откуда тогда там берется его высокий уровень у людей с различными заболеваниями? ведь, наверно, нельзя сказать, что там исключительно вакцинный аллюминий.
Почему это очень сложно? Сложнее, чем через лимфатическую систему, но, похоже, не так уж и сложно. Кроме вакцин берется из диеты, воды, лекарств, а также из дезодорантов и солнцезащитных кремов.