Большинство внутривенного алюминия выводится почками, но не весь, конечно. И да, конечно зависит от индивидуальных особенностей и диеты. ГЭБ не у всех идеально работает, особенно если использовать лекарства, на него влияющие, или даже мороженное, косметику и другие продукты с полисорбатом 80 и прочими влияющими на проницаемость ГЭБ химикатами. Пестициды, например, тоже влияют на ГЭБ. Лаурилсульфат натрия, который содержится практически во всех шампунях, моющих средствах, зубных пастах, в косметике и т.д. тоже увеличивает проницаемость ГЭБ. Сегодня практически невозможно увернуться от всех этих химикатов, поэтому у большинства из нас ГЭБ протекает.

сильно ли мы изменим ситуацию, отказавшись только от прививок, но при этом не имея возможности проконтролировать поступление алюминия с пищей и водой
Я думаю, что да. Есть большая разница между алюминием, просто проникающим в мозг и откладывающегося там (что способствует в долгосрочном плане Альцгеймеру, например), и алюминием сразу проникающим в нервные центры с макрофагами (что способствует нейродегенеративным заболеваниям в краткосрочном плане). Если вас интересует эта тема очень рекомендую книгу Crooked: Man-Made Disease Explained. Она написана не ученым, но, по-моему, ничего глубже на эту тему пока не написано.