Алюминий из крови, конечно, может попасть в мозг, но в общем для этого и существует гемато-энцефалический барьер, чтобы не пропускать в мозг все подряд. Хотя алюминий и увеличивает проницаемость этого барьера, большинство алюминия, наверно, все же в мозг не попадает.
В случае лимфатической системы никакого барьера нет, и через нее алюминий легко попадает в мозг.

Почему эффект вакцины непродолжительный, хотя алюминий остается в организме годами, я не знаю, но предполагаю, что из-за того, что органическая компонента вакцины сравнительно быстро утилизируется, тогда как неорганическая нет.