Наша иммунная система "на генетическом уровне" не знакома ни с вирусами, ни с бактериями. У каждого младенца после рождения начинается знакомство с новыми антигенами и обучение распознаванию "свой-чужой".

Тот же вирус кори - это только человеческий вирус. Он не может без нас, значит и мы без него.
Нет, это не значит. Мы без него прекрасно обходимся, потому что он по отношению к нам паразит, а не симбионт.

До прививок это была выверенная система: болели дети в оптимальном возрасте, держали в напряжении иммунитет у взрослых, а самые маленькие получали пассивный иммунитет от матери.

Если бы это было так, мы бы наблюдали снижение продолжительности жизни и заболеваемости различными заболеваниями после введение вакцин. В реальности же - наоборот, вакцины позволяют спасти жизнь и здоровье миллионам людей (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4866980/pdf/430_2016_Article_451.pdf), а отказ от них приводит к смертям. Вы говорит про какие-то гипотетические угрозы, а дети-то от кори и других предотвратимых заболеваний умирают прямо сейчас (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4175560/pdf/nihms628018.pdf).